Die ersten Siedlungen an diesem Ort soll es bereits vor der frühen Ming-Dynastie gegeben haben. Bei archäologischen Ausgrabungen wurden Porzellan, Perlen und ander Objekte gefunden, die darauf hinweisen, dass in früherer Zeit ein reger Handel mit China und dem mittleren Osten stattfand.

1850 wurde Pindangan in San Fernando unbenannt und wurde dabei gleichzeitig zur neuen Hauptstadt der Provinz La Union. Wie in anderen Teilen der Region kam es auch hier Ende des 19. Jahrhunderts zu Aufständen gegen die Spanier.

1898 gehörte San Fernando zu den USA, da die Spanier nach dem Spanisch-Amerikanischer Krieg die Philippinen abtreten mussten. Am 8. Dezember 1941 bombardierten die Japaner die Stadt und wurde dann drei Jahre von ihnen besetzt. Erst am 22. September 1944 überflogen die ersten US-amerikanischen Flugzeuge die Stadt, die dann im Jahr darauf von den japanischen Besatzern befreit werden konnte. San Fernando wurde 1998 zur Stadt ernannt. Link: wikipedia