1984 wurde er schließlich Generalleutnant und stellvertretender und amtierender Chef des Stabes. Während seiner langjährigen Dienstzeit wurde Ramos trotz seiner aufgrund der verwandtschaftlichen Bezieh- ungen bestehenden Loyalität zu Präsident Ferdinand Marcos zunehm- end zum Kritiker des Präsidenten und dessen Regime.

Als die Lage zunehmend kritischer wurde, verweigerte er Ende Januar 1986 dem Präsidenten zusammen mit dem damaligen Verteidigungs- minister Juan Ponce Enrile die Gefolgschaft und unterstützte mit die- sem in den folgenden Wochen die Proteste gegen das Marcos-Regime während der “People Power Revolution” (EDSA I)”.

Durch diese Haltung wurde die Einsetzung der Witwe des unter Marcos ermordeten Oppositionsführers Benigno Aquino, Corazon Aquino, zur Präsidentin ermöglicht. Ramos erreichte kurz darauf den Höhepunkt seiner militärischen Laufbahn im Februar 1986 als er von Präsidentin Corazon Aquino nach dem Sturz von Präsident Marcos zum General und Chef des Stabes der Philippinischen Streitkräfte befördert wurde.

Während seiner sechsjährigen Präsidentschaft bemühte sich Ramos, die Spuren der zwanzigjährigen Diktatur von Marcos zu beseitigen. Dabei konnte er sich erfolgreich gegen eine Reihe von militärischen Staatsstreichen wehren.

Zugleich setzte er sich für eine politische Stärkung der Bevölkerung ein, um somit wirtschaftliches Wachstum,soziale Gleichheit und nationale Solidarität zu erreichen. Zudem leitete er Regierungsprogramme zur umweltverträglichen Entwicklung und zum Umweltschutz sowie einer schlankeren Bürokratie ein.